Parafia w Lnianie została utworzona w 1922 roku, decyzją Biskupa Chełmińskiego Augustyna Rosentretera. Dekret biskupi wydany w tej sprawie brzmi następująco:
„Dla ułatwienia duszpasterstwa dla mieszkańców Lniana i okolicy urządzono osobną stację duszpasterską w Lnianie, parafii Drzycimskiej. Do tej stacji będą należeć następujące miejscowości: 1. Brzemiona, 2. Dąbrowa, 3. Dębowo, 4. Jędrzejewo, 5.Jeziorki, 6. Karolewo, 7. Kurlandia, 8. Lisiny, 9. Lniano i Zielona Góra, 10. Lnianek, 11.Mszano, 12. Mukrz, 13. Ryszka, 14. Sławno i Stanisławie, 15. Wętfie, 16. Cisiny. 10 września poświęcono kaplicę w Lnianie i wprowadzono ks. Jana Zielińskiego jako kuratusa w urząd. Pelplin, dnia 29 września 1922 roku.” (Urzędowy Orędownik Kościelny dla Diecezji Chełmińskiej 1922r.) Myśl o powstaniu parafii wśród mieszkańców Lniana pojawiła się już dużo wcześniej. Kronika Katolickiej trzyklasowej Szkoły Powszechnej w Lnianie podaje następujące fakty związane z powstaniem parafii:
„Przez dziesięć lat pracowali tutejsi mieszkańcy, na czele p. Antoni Seidel, kupiec z Lniana, aby w Lnianie pobudować kościół. Krótko po wojnie światowej (1914-1918) zakupiono drzewo do budowy kościoła katolickiego. Wojna bolszewicka zwołała wszystkich ludzi do obrony, robotników nie było, drzewo zostało sprzedane za zgodą Zarządu Komitetu Budowy Kościoła, ponieważ już siniało. Po wojnie bolszewickiej podjęto ten sam projekt. Na mocy uchwały Komitetu Budowy Kościoła Katolickiego w Lnianie zakupiona drzewo, które przez województwo za łaskę tutejszej parafii przekazano. Zaczęto się starać o materiały itd. P. Antoni Seidel ofiarował 6 mórg (karta 234) ziemi pod kościół, cmentarz i plebanię. W tym czasie utworzyła się w Lnianie nowa partia, która miała na celu od Żyda p. Abrahamsona salę wraz z mieszkaniem dla księdza kupić. Ks. prob. Masłowski z Drzycimia przyczynił się także do tej ostatniej partii. Sala została wykupiona i Przewielebny Ks. Biskup Rosentreter przeznaczył księdza do Lniana. Przybędzie Wielebny Ksiądz Jan Zieliński jako „kuratus” do nowo utworzyć się mającej parafii Lniano.
Nabożeństwa, które się na sali p. Seidla odbywały, zostały przez Przewielebnego Ks. Biskupa zniesione. Ostatnią Mszę Św. odprawił Ks. proboszcz Pupel z Osia dnia 5 czerwca 1922 roku (II Święto Zielonych Świątek). Aby mieszkańcom wygodzić do słuchania Mszy Św., postarało się państwo Janikowscy z Lnianka o księdza. Najwięcej przyczynił się ks. prof. Kowaliński z Poznania. Jego kazania były prawdziwym pokrzepieniem duchowym. Msze Św. odprawiali: ks. dr Rogalla z Chełmna, ks. prof. Żelewski ze Świecia, ks. prob. Wilemski ze Zdrojów i ks. wikary Bączkowski z Osia.
Aby się na miejscu w sprawie budowy i kupna przekonać przybyli do Lniana, względnie do Lnianka, wiel. ks. oficjał Bartkowski i ks. kanonik dr Michalski z Pelplina. Księża Ci odprawili Mszę Św. w dniu 18 marca 1922 roku na sali p. Seidla. Wszystkie dzieci uczęszczały chętnie na Mszę Św. Pod kierownictwem p. nauczyciela Pozorskiego upiększały dzieci nabożeństwa przez dwugłosowy śpiew.
Fundament do nowego kościoła jest kładziony. Prace ciesielskie są w pełnym biegu, buduje kościół p. Radtke z Tucholi. Poświęcony został dom przez parafian jako mieszkanie dla księdza, kupiony od p. Abrahamsona przez ks. prob. Masłowskiego z Drzycimia w dniu 6 sierpnia 1922 roku.”
Kronikarz szkolny pod datą 17 sierpnia 1922 roku zapisał:
„Aby powstały spór między parafianami załatwić, przybył p. Starosta Tollik do Lniana zadaniem jego było partie (budującą i kupującą) zjednać i do zgody doprowadzić. Nic nie osiągnięto. Prawdopodobnie rozstrzygnie województwo sprawę tę.”
Kolejny zapis z kroniki szkolnej dotyczący powstającej parafii informuje:
„Sala, która miała służyć jako kaplica, została przez ks. dziekana Włoszczyńskiego z Lubiewa w dniu … 1922 roku benedykowana (poświęcona). Wioska była ładnie dla wprowadzenia ks. kuratusa Zielińskiego udekorowana. Kaplica płynęła w zieleni. Dzieci brały w komplecie w procesji udział.” Patronem kaplicy i parafii był św. Jan Kanty. (Elenchus omnium ecclesiarum necnon universi cleri dioecesis culmensis 1939. Pelplin 1938)
W marcu 1934 roku odbyły się w parafii Lniano – prawdopodobnie pierwsze – misje święte. Procesja z krzyżem misyjnym przeszła przez ulice wsi 18.03. 1934 roku. Wydarzenie to utrwalono na fotografiach, które zachowały się do dziś.
Ks. Zieliński zajął się również gospodarczymi sprawami w nowej parafii. W tamtych czasach istotnym źródłem dochodów dla parafii było beneficjum, i dlatego ks. Proboszcz wraz z parafianami zakupił dnia 03. 07. 1928r. od Okręgowego Urzędu Ziemskiego w Grudziądzu, dla Katolickiej Gminy Kościelnej w Lnianie, ziemie rolną o obszarze ok. 34 hektarów. Działka ta była częścią rozparcelowanego majątku Lnianek. Zakupiona ziemia nie była najlepszej klasy i dlatego częściowo ją zalesiono. W roku 1936 przy plebani zbudowano z czerwonej cegły budynek gospodarczy.
Wraz z powstaniem parafii utworzono także cmentarz parafialny. Działkę pod cmentarz ofiarowali parafii : pan Antoni Pacholski – ok. 0.5 ha i pan Piotr Kuta – 0.14 ha.
Ks. Jan Zieliński, pierwszy proboszcz parafii Lniano, zmarł 26. 09. 1937 roku. Pogrzeb odbył się 30 09. 1937roku. Kronikarz szkolny pod datą 30 września 1937 roku zapisał: „W dniu tym dzieci wzięły czynny udział w pogrzebie długoletniego proboszcza tutejszej parafii, Księdza Zielińskiego. Podczas eksportacji zwłok do kaplicy, oraz przy grobie chór dzieci szkolnych odśpiewał żałobne pieśni. Jeden z nauczycieli, Pan Suchorski, wygłosił przemówienie.”
Grób ks. Jana Zielińskiego znajduje się na cmentarzu w Lnianie.
Drugim proboszczem parafi Lniano został ks. Alfons Kądziela. „Urodził się on 24. 08. 1903 roku w Bukowcu Królewskim powiat Starogard Gdański. Ukończył Collegium Marianum w Pelplinie 1914 – 1921, Gimnazjum w Chełmnie 1921 – 1923, a następnie Wyższe Seminarium Duchowne w Pelplinie. Święcenia kapłańskie otrzymał 16. 03. 1929 roku. W latach 1929 – 1937 był katechetą szkoły podstawowej w Grudziądzu. W listopadzie 1937 roku został kuratusem parafii Lniano. W 1939 roku, mimo ostrzeżeń, nie opuścił parafii. Dnia 21. 10. 1939 roku został uwięziony na terenie Szpitala Psychiatrycznego w Świeciu, stąd 24. 10. 1939 wywieziony do Mniszka koło Górnej Grupy i tam rozstrzelany.” ( Oprac. Ks. Henryk Mross )
W czasie wojny parafia Lniano, podobnie jak dużo innych parafii na Pomorzu, była bez proboszcza. Po zamordowaniu przez hitlerowców ks. Kądzieli, opiekę duszpasterska nad parafią Lniano, aż do stycznia 1946 roku, sprawował ks. Jerzy Pietrek, proboszcz z Drzycimia.
Dnia 11.01.1946 roku, dekretem Kurii Biskupiej Chełmińskiej i Gdańskiej, proboszczem parafii Lniano został mianowany ks. Józef Juchta. Zajął się duszpasterstwem, a także remontem i upiększaniem kościoła parafialnego – kaplicy. Dekretem z dnia 26.08.1946 r. z powodu braku kapłanów ks. Józef Juchta został zobowiązany do obsługiwać sąsiednią parafię Błądzim – Rykowisko.
Posługę proboszczowską w parafii Lniano sprawował przez 26 lat, tj. od 1946 roku, aż do śmierci. Zmarł 19.08.1972 roku, w wieku 64 lat. Choroba nowotworowa była powodem nieoczekiwanej śmierci. Ks. Proboszcz Józef Juchta został pochowany na cmentarzu parafialnym w Lnianie. (opracowała Maria Majewska)
Następnym proboszczem w Lnianie był Ks. Stanisław Wiktorowicz. W latach 1972 – 1996 był duszpasterze w Lnianie (23.09.1972 r. otrzymał dekret na wikariusza ekonoma, a 19.10.1972 r. objął w administrację parafię). Zjednał sobie parafian i przy ich zaangażowaniu i pomocy materialnej dokonał licznych inwestycji.
Zbudował organistówkę, dokonał remontu plebani i powiększył cmentarz. Po wielu latach starań uzyskał zgodę władz państwowych na budowę nowego kościoła w miejsce prowizorycznej kaplicy. Nowa świątynia została zbudowana w latach 1981 – 1983, a jej uroczystego poświęcenia dokonał biskup chełmiński Marian Przykucki, w uroczystość odpustową 08.09.1983 roku. Przygotował w parafii Nawiedzenie Obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej (04.03.1989). Rozpoczął budowę kaplicy przedpogrzebowej, której nie zdążył dokończyć. 18.01.1993 roku biskup pelpliński Jan Bernard Szlaga w uznaniu zasług „dostrzegając gorliwość i zaangażowanie duszpasterskie” mianował ks. Stanisława kanonikiem honorowym Kapituły Kolegiackiej Kamieńskiej. Po nagłej chorobie i krótkim pobycie w szpitalu w Świeciu, zmarł w Lnianie 23.07.1996 roku, na złośliwego raka wątroby. Uroczystości pogrzebowe i odprowadzenie na cmentarz w Lnianie odbyły się 26.07.1996 roku. Przewodniczył im przy udziale ok. 50 księży biskup diecezjalny Jan Bernard Szlaga. (patrz Miesięcznik Diecezji Pelplińskiej, wrzesień 1996)
8 września 2002 roku parafia Lniano świętowało 80 – lecie swojego istnienia. Na tę okoliczność parafianie wraz z ks. proboszczem ufundowali do kościoła dzwony, które poświęci Ks. Biskup Diecezjalny Jan Bernard Szlaga.